Sega non farà alcun sequel di Alpha Protocol: lo dichiara Mike Hayes al sito CVG, affermando che il distributore non è interessato a occuparsi ulteriormente di questo RPG.
Secondo quanto riportato dal sito, Hayes si sarebbe detto soddisfatto del concept del primo gioco. Esso, tuttavia, non avrebbe riscosso il successo sperato da un punto di vista prettamente commerciale.
Troppo bassi anche i voti assegnati dalla critica, e tutto questo avrebbe portato alla decisione di non investire capitali, spesso onerosi nel caso di un RPG, in eventuali seguiti.