Uno dei problemi più gravi riguardanti Assassin’s Creed: Brotherhood, segnalato da numerosi giocatori, riguarda la presenza di un bug che rende impossibile proseguire una volta che Desmond tenta di tornare nei panni di Ezio Auditore attraverso il dispositivo Animus. Il difetto di programmazione impedisce infatti il corretto caricamento dei file, bloccando di fatto il titolo e proponendo in un loop infinito la sequenza.
Ubisoft ha annunciato che verrà presto (senza indicare una data precisa) rilasciata una patch correttiva con l’obiettivo di porre rimedio alla questione, oltre che per apportare migliorie sia al gioco single player che alle modalità online. In particolare, verranno eliminati i problemi relativi al processo di matchmaking, a occasionali crash durante le partite in Rete, alla perdita della sincronizzazione tra Ezio e Desmond mentre si attraversano i cunicoli sotterranei e, infine, alle rare occasioni in cui viene gestita in modo scorretto l’assegnazione dei trofei su PlayStation 3.