Microsoft Reasearch in Italia: intervista a Lorenzo Demattè del COSBi

In Italia, precisamente a Trento, si trova un interessante centro di ricerca: il COSBi (Center for Computational and Systems Biology).
Interessante per le tematiche affrontate (Bioinformatica e Systems Biology, tematiche di ricerca recenti ed innovative) e per il fatto che il centro nasce dall’incontro fra pubblico e privato, ovvero l’Università di Trento e il Microsoft Research Center.

Per conoscere un po’ più da vicino questa realtà abbiamo intervistato Lorenzo Demattè, ricercatore del COSBi, che ci ha spiegato con parole semplici ciò che bolle nel “calderone” bioinformatico trentino.

1) Buongiorno dottor Demattè, iniziamo con una domanda da curiosi: com’è lavorare per Microsoft?

Beh, lo dovrebbe chiedere a chi lavora a Redmond! Scherzi a parte, il nostro centro di ricerca è una realtà a metà strada tra la divisione Research di Microsoft, che già è una realtà diversa dai vari production team, e l’Università di Trento. Il modus operandi è molto simile a quello di altri centri di ricerca: lo sviluppo di software è subordinato alla ricerca di base, con dei prototipi per la verifica della validità di certi approcci e teorie. L’ambiente è internazionale, molto stimolante, ricco di discussioni sia con altri ricercatori che con ospiti.
Detto questo, ho avuto l’occasione recentemente di lavorare per un paio di settimane a Remond. L’esperienza è stata molto bella, l’ambiente di lavoro è molto più aperto e collaborativo di quanto si immagini solitamente. È un’azienda che ha davvero il focus sullo sviluppo e sugli sviluppatori.

2) Giusto, torniamo alle cose serie: il COSBi è un centro di ricerca che nasce dall’incontro di Microsoft e dell’Università di Trento. È un connubio insolito nel panorama italiano, crede sarebbe possibile inaugurare altri centri simili?

Credo che il connubio tra pubblico e privato giovi molto alla ricerca: permette di unire il meglio dei due mondi. Detto questo, per ora il centro è un caso quasi unico, non solo a livello italiano. Mi auguro che, se dimostreremo di avere successo, altre società seguano l’esempio.

3) Come mai, secondo lei, Microsoft ha deciso di puntare nella ricerca “di base”, anziché dedicarsi esclusivamente allo sviluppo di nuove tecnologie che possano poi diventare prodotti commerciali?

Come le ho detto sopra, CoSBi non è Microsoft e quindi non conosciamo le loro strategie. Posso solo dire che dal mio personale punto di vista è una scelta saggia.

4) Il COSBi si occupa di Systems Biology. Potrebbe spiegarci in parole semplici di che si tratta?

Di solito quando vengono studenti o “non addetti ai lavori” a farci visita, spiego di cosa si tratta con un’analogia. Quando si guarda una foto, per esempio di un bel monumento, come il duomo di San Marco a Venezia. In una foto si possono vedere molti particolari: le persone, i mosaici sulla facciata, i particolari architettonici…

Ma una foto è statica, cioè fissa: non ci dice nulla di cosa accada nel tempo; dinamiche come le persone che si muovono per entrare e uscire, come il Duomo sia in relazione con gli altri edifici della piazza, quale sia il percorso da fare per arrivare all’entrata, non si colgono facilmente.
Però, se invece di una foto ho un filmato, la cosa cambia: riesco a vedere il movimento, il flusso di persone, ad avere un’idea della profondità spaziale.

Ci sono anche software che combinano una serie di foto per creare uno spazio 3D, dentro il quale si può navigare, muoversi; è perfino possibile ricavarne un filmato.

L’obiettivo della systems biology è molto simile: combina la bioinformatica standard (analisi statistica e storage di dati biologici, come proteine, geni, ecc) con la biologia molecolare (lo studio delle singole proteine fatte dai biologi); queste informazioni sulle singole entità biologiche (le singole foto) vengono combinate per studiare la dinamica del sistema (il filmato). Questa dinamica si comprende studiando le iterazioni tra entità biologiche, che vengono combinate insieme per creare una rete di “processi” o “agenti”, da studiare con mezzi simili a quelli che si usano per studiare reti di computer.

5) Il suo esempio ricorda da vicino la demo di PhotoSynth , di cui abbiamo parlato. Questa tecnologia è nata da ricerche fatte anche nel vostro centro?

No, effettivamente ho usato Photosynth per illustrare l’esempio, ma la ricerca che conduciamo qui è esclusivamente nel campo della systems biology.

6) Ci sono altre tecnologie di Microsoft che tornano utili nel vostro lavoro? Oppure, il vostro lavoro viene integrato anche in nuove tecnologie Microsoft?

Una tecnologia su cui stiamo lavorando molto ultimamente è Windows Computer Cluster Server (ora HPC Server), che permette di unire più computer connessi in rete in un “cluster”, per la computazione distribuita.
Stiamo anche esplorando l’uso di WPF, anche 3D, per la realizzazione di interfacce utente più semplici e facili da usare per il nostro target, i biologi.

7) Un’ultima domanda: vuole descriverci un risultato interessante delle sue ricerche?

Quando costruiamo modelli di reti biologiche lo facciamo usando un linguaggio di programmazione: ogni entità, proteina, molecola viene rappresentata da un “programma”. Questi programmi comunicano tra loro; noi sviluppiamo il software per scrivere questi programmi e per visualizzare i risultati che ne derivano.

Un risultato che mi è piaciuto molto è quello ricavato da uno studio sull’evoluzione che stiamo facendo. Abbiamo dei programmi che “simulano”, cioè si comportano come batteri che “mangiano”, si riproducono ed evolvono “mutando”.